Hombre.....
Tu formateas antes de restaurar o lo haces sobre un sistema instalado?
Cuando restauras, haces una restauracion completa con mucha pleta ó solo restauras tu usuario?
Porque si la haces completa y no has formateado es posible que se mezclen drivers nuevos/antiguos frameworks, kernels, total, una torrija.
Aviso:
SI formateas y haces el volcado del time machine completo, te encontrarás que la particion no arranca porque ha perdido el bootloader, asi que arranca de nuevo el dvd de instalación e instala SOLO el bootloader.
Cuentanos un poco más en profundidad como lo haces.

PD:
Lo suyo es que instales el sistema que te interesa, y cuando llegue la parte de transferir archivitos, le digas que desde una copia de time machine, y te importará tus archivos, programas y tal y tal... y asi no se reescribiran archivos importantes de la instalacion en curso.